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微生物修复主要指采取一定的措施以促进微生物对土壤中有毒有害物质的降解、转化和去除。包括强化土著微生物降解(生物刺激)和投加外源高效降解微生物(生物强化)两种方式。
现已衍生出现场处理、就地处理、堆肥、生物反应器等一系列生物修复技术。这些修复技术的主体均是微生物，应用这些技术处理有机污染物污染土壤己有广泛研究。
研究表明，微生物降解是去除有机污染物的主要途径之一，其他生物修复技术也都离不开微生物的作用。由于微生物对环境具有较强的适应性、变异性，在生存过程中分化出多种多样的代谢类型，并能较强地适应生存环境。在有机污染物污染土壤中，经过自然驯化，逐渐形成多种能降解有机污染物的微生物品种或品系，微生物种类、被降解的对象不同， 对环境中有机污染物的降解途径可能也不一样。